یکی از بناهای به یادگار مانده از عهد صفوی که کمتر شناخته شده است بنای توحید خانه است. این بنای تاریخی خشتی و گلی در حاشیه میدان معروف نقش جهان و در ضلع شمالی عمارت عالی قاپو قرار گرفته است. در مورد تاریخ ساخت دقیق این بنا و یا سازنده آن اطلاعی در دست نیست اما به نظر می رسد توحید خانه به فرمان شاه عباس کبیر ساخته شده است. درمورد کاربری بنای توحیدخانه که در میان بناهای دولت خانه عظیم صفوی قرار داشته گمانه زنی های متفاوتی وجود دارد. یکی از کاربری های توحیدخانه محلی برای جمع شدن صوفیان صفوی بوده است. از آنجایی که پادشاه زمان لازم برای ارشاد و راهنمایی صوفیان نداشته است مقامی رسمی به نام خلیفه الخلفا را مسئول رسیدگی به ارشاد و راهنمایی صوفیان می کند. صوفی ها هر روز به هنگام غروب در توحیدخانه جمع شده و به اجرای مراسم  ذکر می پرداختند. در عصر منتهی به روز پنجشنبه این مراسم با حضور مقامات صورت می گرفته و همه برای سلامتی شاه به ذکر و دعا می پرداخته اند. گاهی خود پادشاه نیز برای اطلاع از اوضاع اجتماعی در این مراسم حضور می یافت.

اما کاربری دیگر این بنای زیبا به عنوان محلی برای بست نشینی بوده است. محل بست در فرهنگ آن روزگار جایی برای در امان ماندن از مجازات بوده است. فرد بست نشین تا زمانی که در داخل توحیدخانه بود از هر گزندی در امان بود و هیچ فرد مسلحی اجازه ورود به توحید خانه را نداشته است. به نظر می رسد بست نشینی که ابتدا در مقابل عالی قاپو بوده توسط پادشاه به این مکان منتقل شده است. در دوره صفوی بسیاری از اعتراضات مردمی در این توحیدخانه برپا می شده است و عموما نیز با اینکار تمامی اعتراضات به خوبی مدیریت می شده است. نمونه این اعتراضات اعتراض تاجران محله ارمنی نشین جلفا مبنی بر کاهش مالیات ها بود که به فرمان شاه مالیات ها شکسته شد. این امر نشان دهنده این است که توحیدخانه تنها محلی برای مسلمانان نبوده است و به همین دلیل با خانقاه و یا زاویه متفاوت و بنایی منحصربفرد است. این بنا در دوره قاجار کاربری خود را از دست داده و در دوره پهلوی به عنوان زندان مورد استفاده قرار می گیرد.

در دوره پهلوی الحاقاتی به بنا افزوده می شود اما در دهه شصت شمسی بنا به وزارت فرهنگ تحویل داده می شود. امروزه این بنای زیبا در اختیار دانشکده هنر اصفهان قرار دارد و برخی از الحاقات نا به جای دوره پهلوی برچیده شده است. در معماری توحیدخانه بنای گنبدخانه در میانه قرار گرفته و حجره ها متعددی دور تا دور آن ر ا فرا گرفته اند. این بنا به صورت دوازده ضلعی ساخته شده است که احتمالا اشاره به دوازده امام شیعه دارد و گنبدی ساده و بی پیرایه خشتی یک پوسته بر فراز آن قرار گرفته است. چهار روزنه بر ساقه گنبد به منظور تامین نور داخل بنا تعبیه شده است. نمای بیرونی اضلاع با طاق نماهایی ساده بر روی شش ضلع آراسته شده است. شش ضلع دیگر راه های ورودی به داخل بنا هستند. با ورود به داخل بنا متوجه مدور بودن آن می شوید. بر بالای هر یک از شش درب یک طاقچه قرار گرفته که به طور کلی در داخل یک طاق نما قرار گرفته است. شش ضلع بسته نیز به اتاقکهایی کوچک که در ضخامت دیوار ایجاد شده اند راه پیدا می کند. در داخل توحید خانه نیز متن صلواتی بر چهارده معصوم با گچبری زیبا بر زمینه ای به رنگ لاجوردی آراسته به نقش گل ها رویت می شود که جنبه مذهبی توحیدخانه را تایید می کند. این کتیبه در محل اتصال دیواره های چند ضلعی به گنبد قرار گرفته است.