کلیسای بیت لحم یکی از زیباترین کلیساهای تاریخی اصفهان است که در محله تاریخی جلفا واقع شده است. این کلیسا در زمان شاه عباس صفوی و به سال 1036 ه.ق ساخته شده است. بانی کلیسا یکی از تاجران متمول ارمنی جلفا، خواجه پطرس ولیجانیان بوده است. وی به همراه چند تن از اعضای نزدیک خانواده اش در همین کلیسا به خاک سپرده شده است. در حیاط کلیسا تالار تدفین و چند سنگ قبر از دوره های مختلف تاریخی از شخصیت های برجسته ارمنه و بزرگان به چشم می خورد. این حیاط تنها حیاط باقی مانده از کلیساست و باقی حیاط ها به مرور از میان رفته اند. کلیسا بنایی آجری است که دارای گنبدی بلند است. گنبد آجری فاقد تزئینات خارجی بوده و در پایه نسبتا بلند خود دارای چند نورگیر است.

 این کلیسا به سبک بناهای اصفهان ساخته شده است و گنبد آن در میان کلیساهای تاریخی اصفهان از همه بلندتر است. پلان کلیسا مستطیل شکل بوده و بر فراز تالار آن گنبدی برپا شده است. کلیسا در دو طبقه واقع شده است و طبقه اول متعلق به آقایان و طبقه دوم متعلق به بانوان است. گنبد بر فراز چهار ستون با قوس های جناغی قرار گرفته است. گنبد به زیبایی تمام با طلاکاری و نقاشی هایی بسیار زیبا آراسته شده است و نورگیرها نمای بسیار زیبایی را ایجاد کرده اند. کتیبه ای زیبا با خط طلایی بر زمینه ای فیروزه ای و چشم نواز به خط ارمنی با مضمون طلب آمرزش بانی بنا نقش بسته است. دیوارهای تالار با نقاشی هایی ظریف و حیرت انگیز با رنگ هایی بسیار چشم نواز با مضامینی همچون حضرت عیسی(ع) و حواریون آراسته شده و انتهای پایینی دیوارها با کاشی کاری های بدیعی پوشانده شده است.

 محراب این کلیسا نیز با نقاشیهای بسیار حیرت انگیزی تزئین شده است. در میان 21 نقاشی زیبای محراب، نقاشی بهشت زیباترین اثر نقاشی روی گچ این کلیساست. این کلیسا در ردیف 23 کلیسای زیبای جهان قرار گرفته است. در میان نقاشی ها تصویری از خود خواجه به صورت تاجدار ترسیم شده است. در قسمتی که مخصوص گروه سرود کلیساست 4 نقاشی بسیار زیبا و ظریف با مضامین تولد حضرت مسیح، مراسم غسل تعمید و تصاویر برخی انبیا الهی به چشم می خورد. بالکنی کوچک نیز مخصوص گروه کر کلیسا در این کلیسای زیبا تعبیه شده است. در این کلیسا کتیبه های مختلفی از سال های مختلف به چشم می خورد. یکی از کتیبه ها به تاریخ 1316 ه.ق نشان از تعمیر و بازسازی کلیسا در زمان مظفرالدین شاه قاجار دارد. علاوه بر زیبایی های بصری این کلیسا دو انحیل بسیار نفیس و قدیمی و خطی نیز در این کلیسا نگهداری می شود.