فرزند مشترک حضرت علی (ع) و زنی از طایفه ی بنی حنیفه پسری به نام محمد بود که طبق طایفه مادر خود، به حنفی مشهور شد. با اینکه بر سر محل دفن ایشان اختلاف نظرهایی هست اما عده ای معتقدند که این فرزند پاک حضرت علی (ع) با وجود ظلم و سخت گیری های حاکم زمان (بنی امیه و بنی مروان) که برخاندان پیامبر روا می داشتند به سمت بصره آمدند و پس از مدتی در خارک کنونی از دنیا رفته اند؛ پس محل دفن این شخصیت بزرگ را به شهر خارک استان بوشهر نسبت می دهند.
این بنای زیبا با دستان معمار زبده ای به نام علی بن حسین بخارایی در فاصله صدمتری از کوهستان در بندر خارک، در صده هفتم (سال 738) هجری قمری یعنی دوره سلجوقیان ساخته شد. آرمگاه میرمحمد حنفیه دو گنبد هرمی و دایره ای شکل دارد که بر روی فضایی با مساحت 20 مترمربع (فضای امامزاده) قرار گرفته است. گفته شده 200 سال بعد بنایی تحت عنوان مصلی به قسمت امامزاده افزوده شده است.
آرامگاه امامزاده میرمحمد حنفیه به لحاظ ساختاری مشابه آرامگاه شوش دانیال است. در محیط آرامگاه دو قبر وجود دارد که قبر اصلی با ضریح چوبی احاطه شده و قبر دیگر در کنار دیوار امامزاده است که طبق گفته های ساکنین قبر معمار بنا (علی بن حسین بخارایی) است. بارگاه میرمحمدحنفیه از قدیم الایام نه تنها مورد توجه مردم شیعه و سنی این شهر قرار گرفته بلکه گردشگران هندی و پاکستانی هم ارادت خاصی داشتند و هزینه ها و کمک های مورد نیاز امامزاده را فراهم می کردند.
